La plateforme Organoïdes de l’IRSD (Institut de Recherche en Santé Digestive), dirigé par David Sagnat et Nathalie Vergnolle, sur le site de Purpan vient renforcer le réseau TRI. Cette plateforme crée in vitro et en trois dimensions des mini-organes épithéliaux polarisés, également appelés organoïdes, à partir de cellules souches isolées de biopsies ou de résections de patients humains ou de souris.
Nous sommes spécialisés dans les organoïdes de côlon de patients sains et inflammatoires (maladie de Crohn et rectocolite hémorragique) et avons constitué une biobanque d’organoïdes d’environ 250 patients sains et inflammatoires que nous continuons d’incrémenter explique David Sagnat, responsable opérationnel de la plateforme. 
La plateforme possède également une machine de criblage à haut contenu qui nous permet d’acquérir ce genre de structures : l’Opera Phenix de Perkin Elmer. Elle permet d’analyser la morphologie (taille, épaisseur, périmètre, surface) de nombreuses structures par plaque entière (de 6 à 384 puits, lames, IBIDI…) durant une même acquisition et ce de manière complètement automatisée.
Nous utilisons actuellement cette technologie pour des structures 3D (organoïdes) mais bien évidemment aussi pour des structures 2D (neurones, lymphocytes, fibroblastes, …) pour de nombreux utilisateurs et projets.
Nathalie Vergnolle
Actuellement, la plateforme organoïdes est composée de deux membres : Nathalie Vergnolle, responsable scientifique et directrice de l’IRSD et David Sagnat, responsable opérationnel. Elle se verra renforcer dès Septembre 2023, par Astrid Canivet. Déjà familière de TRI-Genotoul, elle deviendra la personne dédiée pour l’accompagnement des utilisateurs sur l’Opéra Phenix pour la formation, l’acquisition et l’analyse.
Expertises
- Suivi des cultures 3D (imagerie), immunofluorescence sur organoïdes
- Utilisation d’un appareil d’imagerie de criblage à haut contenu (Opera Phenix – Perkin Elmer)
- Formation à l’utilisation de l’appareil de criblage à haut contenu
Contact & réservation : David Sagnat
Publications
- Thrombin modifies growth, proliferation and apoptosis of human colon organoids: a protease-activated receptor 1– and protease-activated receptor 4-dependent mechanism.
Sébert M, Denadai-Souza A, Quaranta M, Racaud-Sultan C, Chabot S, Lluel P, Monjotin N, Alric L, Portier G, Kirzin S, Bonnet D, Ferrand A, Vergnolle N.Br J Pharmacol. 2018 Sep;175(18):3656-3668. doi: 10.1111/bph.14430. Epub 2018 Aug 7. – PMID: 29959891- Patent: Urosphere – organoïdes de vessie – Brevet n° 19290013.2 : Method for differenciating epithelial stem cells (Philippe Lluel, Xavier Game, Nathalie Vergnolle)