TRAITEMENT & MODELISATION

	Tirer le meilleur parti des images de biologie
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La plateforme mutualisée de traitement et modélisation pour l’imagerie biologique est destinée à permettre aux utilisateurs de tirer le meilleur parti de leurs images et ce, quel que soit le lieu et l’outil grâce avec lequel elles ont été réalisées. En fonction des besoins, le personnel dédié accompagne les utilisateurs au travers des différentes étapes depuis le traitement et d’analyse des données en imagerie biologique jusqu’à la conception de scripts spécifiques permettant de traiter de grands volumes de données ou des demandes spécifiques. L’offre s’étend donc de la reconstruction des données brutes à leur exploitation finale. La plateforme s’appuie finalement sur un ensemble de stations d’analyse performantes dotées de logiciels clients entièrement dédiés à cette fonction.

Services :

L’image originelle suivie de sa version retraitée à l’aide d’un algorithme dédié développé par l’équipe de recherche adossée à la plateforme.

• Reconstruction et visualisation 3D, en profondeur et résolue dans le temps (films) sur des échantillons vivants ou fixés.
• Traitement de données d’imagerie biologique : accompagnement complet des utilisateurs dans la sélection et l’application des traitements mathématiques les plus adaptés à leurs données biologiques
• Analyse statistique et exploitation des résultats: conseils, ressources logicielles et outils statistiques afin d’analyser, exploiter et mettre en forme les résultats.
• Développement sur demande de routines dédiées à des traitements d’images spécifiques
• Formation et/ou accompagnement dans l’utilisation de logiciels d’analyse d’images

Mode d’accès :

• Assistance
• Projet collaboratif
• Prestation de service

Logiciels disponibles :

• Logiciels de traitement et de visualisation 3D : 3 licences IMARIS Bitplane (version 8 & 9, avec les modules : MeasurementPro, ImarisTrack, FilamentTracer, ImarisCell, ImarisXT)
  • 2 licences Amira FEI – Version 6
  • 1 licence Arivis Vision 4D
• Logiciel de HCS (High Content Screening ): Harmony – PerkinElmer (logiciel d’analyse de l’Operetta)
• Logiciels de classification de pixels et d’objets : Ilastik, Cellpose
• Logiciel de de développement à façon de worflow : 5 licences Matlab MATHWORKS (toolbox : Computer Vision, Database, Deep Learning, Image Processing, Compiler, Parallel computing, Statistic & Machine Learning, Wavelet)
• Logiciels d’analyse d’images : Fiji, Icy
• Logiciels d’analyse statistique : 3 licences GraphPad PRISM

Réservations & Variantes