NOS FORMATIONS

Outre les formations spécifiques permettant la maîtrise et l’usage en toute autonomie d’outils, les plateformes du réseau TRI-Genotoul proposent également des formations à visée plus large. Techniques, thématiques scientifiques, logiciels de post-traitement requis pour une meilleure exploitation les données…figurent parmi les sujets abordés. Vous retrouverez également sur cette page les cours en libre accès.

 

Sep
12
mer
Initiation à la microscopie électronique en transmission et à balayage appliquée à la biologie
Sep 12 – Sep 25 Jour entier

Pollen de fleur – CMEAB

Cette formation répartie sur 3 périodes de stage (12-13,17-18, 24-25 septembre) vise à présenter les différentes techniques de préparations et d’observation des échantillons biologiques en microscopie électronique à balayage avec leurs avantages et inconvénients. Formation limitée à 8 participants maximum

 

Objectifs
  • Acquérir les méthodes de base pour la préparation d’échantillons biologiques en microscopie  électronique en transmission et à balayage.
  • Comprendre les principes de base des microscopes électroniques et savoir réaliser  une observation.
Programme
Théorique

  • Paysage de la microscopie électronique à Toulouse et en France
  • Principe du microscope électronique en transmission (MET) et à balayage (MEB)
  • Techniques de préparation des échantillons biologiques en MET et MEB

Travaux pratiques 

  • Préparation d’échantillon biologique pour l’observation en MET en résine et sSur grilles par coloration négative
  • Préparation d’échantillons biologiques pour l’observation en MEB par point critique & par cryo-préparation
  • Observation des échantillons en MET et en MEB

Intervenants

Bruno Payré, Céline Guilbeau-Frugier, Isabelle Fourquaux, Dominique Goudounèche

 


Inscriptions administrative avant le 29 juin 2018 :

Mission Formation Continue et Apprentissage

Sep
27
jeu
Traitement d’images sous ImageJ : Bases conceptuelles et pratiques pour la biologie
Sep 27 – Nov 9 Jour entier

Confocal microscope – E. D’aldebert, CPTP

Cette formation répartie sur 2 périodes de stage (27&28 septembre et 8&9 novembre) vise à faire découvrir les possibilités offertes par le logiciel Image-J ainsi qu’à transmettre les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie.

 

Programme

Cours & TD

  • Présentation d’ImageJ (téléchargement, installation, paramétrages …)
  • Qu’est ce qu’une image? (pixels, voxels, résolution, dynamique)
  • Principaux formats d’images (TIFF, JPEG, BMP).
  • Ouverture de fichiers, utilisation de LOCI.
  • Cours Histogramme
  • Manipulation des images : split, LUT, dynamique de l’image, manipulation d’histogramme, merge.
  • Filtrage par convolution. AC
  • Amélioration de l’image: correction de fond AC
  • Counter cell+Seuillage + analyse particule.
  • Opérations morphomathématiques. (erode, dilate)
  • Analyse quantitative des images numériques en biologie :
    Zones d’intérêt-segmentation
    Comptages d’objet 2D
  • Opérations entre image pour quantifier des intensités
  • Reconstruction et visualisation 3D.
  • Montage de planches avec FigureJ :
  • Colocalisation : acquisition et analyse :
  • Mise en application sur les images des utilisateurs
  • Analyse des cas particuliers des participants
  • Matinée et apres-midi (cours et TD) : facultatif
  • Automatisation des tâches : macro-commandes, langage macro (boucles..)

Formation ouverte aux personnels non Inserm dans la limite des places disponibles.
Oct
15
lun
La microscopie de fluorescence : bases et nouveautés
Oct 15 – Oct 19 Jour entier

 Objectifs

  • Acquérir des bases théoriques et pratiques sur la microscopie de fluorescence
  • Connaître les avantages et les limites des divers systèmes d’acquisition d’image en microscopie
  • S’initier aux nouveaux développements en microscopie de fluorescence

Public

Chercheurs, ingénieurs, techniciens désireux de s’initier aux techniques d’imagerie en fluorescence

bandeauformation

Pré-requis

Aucun, si ce n’est un intérêt clairement affiché pour l’imagerie optique du vivant

Programme

Cours théoriques (14 h) :

Le cours insistera sur les notions de base requises pour acquérir des images dans les meilleures conditions possibles, en fonction de chacune des méthodes utilisées, sur la diversité des échantillons susceptibles d’être imagés, sur les précautions à prendre pour éviter les erreurs d’interprétation. – Le microscope en fond clair et à fluorescence, principe, description, réglages importants, acquisition d’images sur système champ large, les caméras CCD et C-MOS

  • Les sondes et les protéines fluorescentes
  • Analyse de l’interaction des protéines par FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer)
  • La microscopie confocale mono et multiphotonique : principes et applications
  • La déconvolution des images
  • Imagerie 3D en microscopie à feuille de lumière
  • Les techniques de super-résolution
  • La préparation des échantillons
  • L’imagerie intra-vitale et l’imagerie du petit animal
Travaux pratiques (18 h, en sous-groupe de 4 stagiaires max.) :

Travaux pratiques en petits groupes sur différents appareillages de la plateforme d’imagerie toulousaine (microscopes champ large, confocaux, multiphotons, SPIM…)

  • Avantages et limites des différents systèmes
  • Acquisition et analyse des images dans les meilleures conditions

Note : Possibilité de faire les TP, à des fins pédagogiques, sur des échantillons apportés par les stagiaires

Equipements (plateformes CPTP & IPBS)

Microscopes champ large, microscopes confocaux, microscope multiphotons, caméras CCD, microscope et macroscope à feuille de lumière (SPIM), microscope intravital, système d’acquisition de fluorescence corps entier

Intervenants

Chercheurs et ingénieurs des instituts de recherche suivants :

  • Fédération de recherche en biologie de Toulouse (FR 3451)
  • Fédération de recherche agrobiosciences, interactions et biodiversité (FR 3450)
  • Institut des technologies avancées en sciences du vivant (ITAV – Centre Pierre Potier)
  • Fédération de recherche biomédicale de Toulouse (SFR BMT)


 

CNRSformentrep

Une formation proposée avec :


Quelques commentaires des stagiaires :

Cette formation va me permettre d’optimiser mes manips et mes acquisitions d’images en champ large. J’espère par le futur pouvoir mettre à profit les compétences nouvellement acquises en confocal et pourquoi pas en FRET.”

Aurore F., agence nationale”

Très bien, bon contenu et bonne organisation.

Olivier T., industrie pharmaceutique

Très bonne formation, avec des intervenants passionnés et passionnants.“,

Laurent C., établissement de recherche

Nov
12
lun
Microscopie biphotonique dynamique intravitale et endoscopie
Nov 12 – Nov 14 Jour entier

 Objectifs

  • Assimiler les bases théoriques de la microscopie multiphotonique
  • Connaître les atouts et les faiblesses de l’endomicroscopie
  • Savoir utiliser les outils nécessaires à l’élaboration d’expérimentations dans le domaine de l’imagerie multiphotonique intravitale et sur explant tissulaire : préparation d’échantillons vivants, acquisition et visualisation des images
  • Savoir acquérir des images in vivo sur un animal entier ou sur explant tissulaire

Public

Chercheurs, ingénieurs, techniciens

bandeauformation

Pré-requis

Avoir de solides bases en microscopie de fluorescence. Avoir par exemple suivi un des stages “La microscopie de fluorescence : bases et nouveautés” (Réf. 18126, catalogue CNRS) ou “Atelier de microscopie confocale” (Réf. 18129, catalogue CNRS) ou niveau équivalent.

Programme

Cours théoriques (40%) :
  • Bases théoriques de la microscopie biphotonique
  • Endoscopie linéaire
  • Sondes pour la microscopie biphotonique
  • Microscopie biphotonique ex-vivo : élaboration d’expériences sur tissu explanté
  • Microscopie biphotonique intravitale : élaboration d’expériences sur animal anesthésié
Travaux pratiques (60%) :

TP en sous-groupes de 4 stagiaires avec un intervenant par sous-groupe.

  • Coupe de tissu frais, explantation, puis imagerie multicouleur SHG en biphoton
  • Imagerie intravitale chez la souris en biphoton
  • Endoscopie linéaire : imagerie intravitale chez la souris
  • Visualisation et analyse des images acquises avec le logiciel Imaris (Bitplane)
  • Table ronde et retour d’expérience : échanges sur les problématiques des stagiaires

Note : Possibilité de faire les TP, à des fins pédagogiques, sur des échantillons apportés par les stagiaires

Equipements (plateformes CPTP & IPBS)

2 microscopes Zeiss 7 MP ; endoscope MonaKea Technologie

Intervenants

  • S. Allart, E. Bellard, M. Rodrigues (ingénieures) et S. Boullier (maître de conférences)


 

CNRSformentrep

Une formation proposée avec :


Quelques commentaires des stagiaires :

“Les différents setups et astuces seront très utiles ! “

Thibault N., établissement de recherche

“Accueil très agréable.”

Céline M.établissement de recherche

Nov
27
mar
Base de Biologie pour la microscopie Photonique
Nov 27 – Nov 29 Jour entier

 Objectifs

  • Acquérir des connaissances de base en biologie cellulaire, une pratique simple de la préparation des échantillons biologiques pour les observations en microscopie photonique de fluorescence et gagner en autonomie par rapport à leur pratique de préparation des lames
  • Expérimenter et maitriser des protocoles simples de préparation d’échantillons pour la microscopie afin de tester leurs microscopes expérimentaux, avant de se lancer dans des collaborations pluridisciplinaires plus poussées,
  • Mieux appréhender la qualité des échantillons de leurs utilisateurs de plateforme d’imagerie,
  • Mieux comprendre les marquages, leurs enjeux et répercussions sur un travail d’analyse d’image.

Public

Chercheurs, Ingénieurs, techniciens non-biologistes travaillant en plateformes ou en laboratoires, et étant en contact avec des échantillons biologiques

bandeauformation

 

Intervenants

  • S. Allart, M. Rodriguez, Delphine Muriaux, Sandrine Lecart et Marie-Noelle Soler


 


 

Cours et présentations en libre accès :

Les commentaires sont fermés