Traitement d’images sous ImageJ : Bases conceptuelles et pratiques pour la biologie

Quand :
27 septembre 2018 – 9 novembre 2018 Jour entier
2018-09-27T00:00:00+02:00
2018-11-10T00:00:00+01:00
Où :
Plateau d'imagerie du CPTP
105 Avenue de Casselardit
31300 Toulouse
France
Contact :
Sophie Allart
05 62 74 45 78

Confocal microscope – E. D’aldebert, CPTP

Cette formation répartie sur 2 périodes de stage (27&28 septembre et 8&9 novembre) vise à faire découvrir les possibilités offertes par le logiciel Image-J ainsi qu’à transmettre les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie.

 

Programme

Cours & TD

  • Présentation d’ImageJ (téléchargement, installation, paramétrages …)
  • Qu’est ce qu’une image? (pixels, voxels, résolution, dynamique)
  • Principaux formats d’images (TIFF, JPEG, BMP).
  • Ouverture de fichiers, utilisation de LOCI.
  • Cours Histogramme
  • Manipulation des images : split, LUT, dynamique de l’image, manipulation d’histogramme, merge.
  • Filtrage par convolution. AC
  • Amélioration de l’image: correction de fond AC
  • Counter cell+Seuillage + analyse particule.
  • Opérations morphomathématiques. (erode, dilate)
  • Analyse quantitative des images numériques en biologie :
    Zones d’intérêt-segmentation
    Comptages d’objet 2D
  • Opérations entre image pour quantifier des intensités
  • Reconstruction et visualisation 3D.
  • Montage de planches avec FigureJ :
  • Colocalisation : acquisition et analyse :
  • Mise en application sur les images des utilisateurs
  • Analyse des cas particuliers des participants
  • Matinée et apres-midi (cours et TD) : facultatif
  • Automatisation des tâches : macro-commandes, langage macro (boucles..)

Formation ouverte aux personnels non Inserm dans la limite des places disponibles.
Pour marque-pages : Permaliens.

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