Afin de répondre aux besoins de leurs utilisateurs, les plateformes du réseau TRI-Genotoul sont amenées à développer leurs propres outils ou des expertises spécifiques.
Le streak-FLIM ou la fluorescence résolue dans le temps
Le streak-FLIM (Fluorecence Lifetime Imaging Microscopy) est une technique unique développée par la plateforme d’imagerie de la FRAIB et permettant d’accéder à l’observation de la fluorescence de manière résolue dans le temps. Cette ressource permet donc de révéler des interactions protéines-protéines, protéines-ADN ou des changements de conformation spatiale. Les mesures réalisées sont indépendantes de la concentration de la molécule et de son intensité de fluorescence mais varient en fonction de son environnement. On va ainsi également pouvoir révéler des modifications de pH, d’indice de réfraction…
Le SPIM ou Microscope à feuille de lumière
L’un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois dimensions et en profondeur des structures biologiques et des organismes vivants. La plateforme d’imagerie de Restoreen partenariat avec d’autres laboratoires toulousains a développé un outil novateur : le SPIM (Selective Plane Illumination Microscope) ou microscope à feuille de lumière. Celui-ci permet un sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur d’un échantillon vivant, tout en offrant des possibilités d’acquisition en multi-vues. De plus contrairement à l’ensemble des outils d’imagerie 3D disponibles sur le marché, les reconstructions d’images par le SPIM sont exemptes de toutes déformations optiques. Sur le même principe et avec les mêmes caractéristiques, le macro-SPIM autorise quant à lui des acquisitions mais avec cette fois des échantillons de grande taille “transparisés”.
Voir la page du SPIM et macro-SPIM
La tomographie électronique
La tomographie électronique permet de recréer des volumes à l’échelle nanométrique à l’aide d’un microscope électronique à transmission (M.E.T.). A l’image d’un scanner médical, des prises de vues du même objet sont réalisées sous différents angles. L’utilisation d’un logiciel d’imagerie permet ensuite de reconstruire le volume de l’échantillon et de le visualiser en 3D.
Cette technique a été maîtrisée et améliorée par la plateforme du METi.
Voir la page de la tomographie
Cryomicroscopie
Observer un échantillon en microscopie électronique requiert que celui-ci soit préalablement préparé afin de résister au vide de la chambre d’observation et aux radiations du faisceau d’électrons. Ces étapes de préparation qui impliquent traitements chimiques et déshydratation peuvent altérer la structure des échantillons. En cryo-microscopie, l’échantillon est congelé ultra-rapidement pour que les molécules d’eau qu’il contient soient transformées en glace amorphe (non cristalline). Pour des objets plus volumineux (cellules, tissus…), des coupes congelées peuvent être réalisées (technique CEMOVIS). L’échantillon est ensuite directement observé en microscopie électronique à basse température sans aucun autre traitement.
La cryo-microscopie électronique offre ainsi la possibilité d’observer des échantillons à très haute résolution dans un état hydraté très proche de leur état naturel. La plateforme METi abrite un panel d’instruments dédiés dont un cryo-microscope électronique en transmission (Talos Arctica, ThermoFisher Scientific) pour l’observation haute résolution/haut et la détermination de structure des macromolécules à une résolution quasi-atomique. Elle développe ces expertises dans des champs variés allant des nanotechnologies à la cosmétique.
Voir la page de page des cryo-méthodes
Cytomètre et microscope
L’ImageStreamX est un équipement interdisciplinaire entre la cytométrie et l’imagerie. Il conjugue les avantages de ces 2 technologies et apporte ainsi la force des données statistiques de la cytométrie appliquée à un grand nombre de paramètres morphologiques cellulaires.
Ce système génère des images de cellules en flux par le biais de grossissements allant de 20x à 60x. Il permet de répondre à de multiples applications (comptage de spots, translocation nucléaire, internalisation…) dans des domaines variés : immunologie, cancérologie, parasitologie, microbiologie…
Microscope biphoton droit et inversé de niveau de biosécurité 3
Fruit d’une collaboration entre les ingénieurs de l’IPBS, la société Eurobioconcept et l’équipementier Lavision Biotech, cet outil a été conçu sur mesure pour répondre aux exigences strictes d’un confinement de biosécurité de niveau 3. Outre ses composantes adaptées, son positionnement au sein de la plateforme permet l’observation de petits animaux vivants ou d’échantillons vivants contenant des agents pathogènes de niveau 3, tels que Mycobacterium tuberculosis. Pour répondre aux besoins spécifiques de l’observation intravitale sur de petits animaux, ce microscope pouvant basculer entre observation en lumière directe et inversée est de plus équipé d’un dispositif et d’un système d’anesthésie volatile.
Voir la page “microscopes confocal”
Imagerie haut débit
L’Opera Phenix est un outil d’imagerie de criblage à haut contenu pouvant fonctionner de manière automatisée avec des plaques, lames…Bénéficiant de l’expertise du plateau de l’IRSD, les expertises vont du suivi des cultures 3D à l’immunofluorescence sur organoïdes.