TRAITEMENT & MODELISATION

Salle de traitement et modélisation imagerie-biologique

Tirer le meilleur parti des images de biologie

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Telephone : 05 82 99 10 06

La plateforme mutualisée de traitement et modélisation pour l’imagerie biologique est destinée à permettre aux utilisateurs de tirer le meilleur parti de leurs images et ce, quel que soit le lieu et l’outil grâce avec lequel elles ont été réalisées. En fonction des besoins, le personnel dédié accompagne les utilisateurs au travers des différentes étapes depuis le traitement et d’analyse des données en imagerie biologique jusqu’à la conception de scripts spécifiques permettant de traiter de grands volumes de données ou des demandes spécifiques. L’offre s’étend donc de la reconstruction des données brutes à leur exploitation finale. La plateforme s’appuie finalement sur un ensemble de stations d’analyse performantes dotées de logiciels clients entièrement dédiés à cette fonction.

Services :

clip traitement

L’image originelle suivie de sa version retraitée à l’aide d’un algorithme dédié développé par l’équipe de recherche adossée à la plateforme.

  • Reconstruction et visualisation 3D, en profondeur et résolue dans le temps (films) sur des échantillons vivants ou fixés.
  • Traitement de données d’imagerie biologique : accompagnement complet des utilisateurs dans la sélection et l’application des traitements mathématiques les plus adaptés à leurs données biologiques
  • Analyse statistique et exploitation des résultats: conseils, ressources logicielles et outils statistiques afin d’analyser, exploiter et mettre en forme les résultats.
  • Développement sur demande de routines dédiées à des traitements d’images spécifiques
  • Formation et/ou accompagnement dans l’utilisation de logiciels d’analyse d’images

 

Mode d’accès :

  • Assistance
  • Projet collaboratif
  • Prestation de service

 

Logiciels disponibles :

  • Logiciels de traitement et de visualisation 3D : 2 licences IMARIS (version 7.7.2 – Bitplane avec modules : MeasurementPro, ImarisTrack, FilamentTracer, ImarisCell, ImarisXT) 2 licences Amira version 6, 1 licence Arivis-Vision 4D
  • Logiciels de HCS (High Content Screening) : Cellomics
  • Logiciels d’analyses d’images : Icy, FIJI
  • Logiciels de visualisation d’images : Metamorph, Zen
  • Logiciel de développement d’analyse à façon : Matlab

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Désignation
Caractéristiques techniques
Lieu
Station d’analyse n°1 HP Z800 Workstation, 64Go RAM ITAV – Oncopole
Station d’analyse n°2 Dell Precision T7600, 192Go RAM ITAV – Oncopole
Station d’analyse n°3 Dell Precision T7600, 192Go RAM ITAV – Oncopole
Station d’analyse n°4 Dell Precision T7910, 256Go RAM ITAV – Oncopole
Station d’analyse n°5 Dell Precision T7910, 256Go RAM ITAV – Oncopole

 

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